Voedselintolerantie is een overgevoeligheidsreactie op voedsel zonder dat er sprake is van de productie van afweerstoffen tegen voedingsbestanddelen. Voedselintolerantie kan niet door middel van huidtests of bloedonderzoek (RAST-onderzoek) worden aangetoond. Bij voedselintolerantie wordt bepaalde voedselbestanddelen soms niet goed in het lichaam omgezet, waardoor klachten optreden. Soms ook wordt bij voedselintolerantie histamine vrijgemaakt, wat ook gebeurt als er een 'echte' allergische reactie optreedt. Het verwarrende is dat de symptomen van voedselallergie en voedselintolerantie erg op elkaar kunnen lijken. Door allerlei oorzaken kent voedselintolerantie echter een veel grilliger verloop dan voedselallergie. Hierdoor komt het voor dat bepaald voedsel de ene keer goed wordt verdragen en de andere keer slecht. Voedingsmiddelen die voedselintolerantie veroorzaken, worden 'triggers' genoemd. Stoffen waarvan dit wetenschappelijk is aangetoond, zijn lactose (melksuiker) en sulfiet (een conserveermiddel). Voor de rest is er nog veel onduidelijkheid over welke voedingsstoffen er allemaal precies voedselintolerantie kunnen veroorzaken. Voedselintolerantie kan direct klachten veroorzaken, zoals in het geval van lactose-intolerantie, maar kan ook als gevolg van andere aandoeningen ontstaan. Voedselintolerantieklachten worden bijvoorbeeld vaak ervaren door mensen met een spastische dikke darm ('spastisch colon').