In alle fasen die het biologische product doorloopt, zijn de kosten hoger dan bij het gangbare product. Dit komt terug in de prijs die u moet betalen. Een biologische boer heeft hogere kosten dan een 'reguliere' boer. Door geen gebruik te maken van kunstmest en chemische bestrijdingsmiddelen daalt bij de meeste gewassen de opbrengst, dat betekent minder omzet. Onkruid wordt met de hand of machinaal gewied, hierdoor stijgen de arbeidskosten. Daarnaast is ook het biologische zaai- en pootgoed duurder.

De producent van biologische levensmiddelen maakt ook hogere kosten. Alle grondstoffen van het biologische eindproduct moeten uiteraard van biologische oorsprong zijn. Aan deze grondstoffen is niet altijd gemakkelijk te komen en dat kost tijd en geld. Ook het vervangen van een aantal chemische toevoegingen zoals conserveringsmiddelen door een biologische variant kost geld.

Kostenverhogingen doen zich ook voor bij de distributie. Doordat het nu nog vaak gaat om kleine partijen biologische producten is de distributie nog niet zo efficiënt geregeld als bij meer gangbare producten. Dat betekent bijvoorbeeld dat één vrachtwagen soms door het hele land moet om aan een voldoende hoeveelheid rode kolen te komen voor de supermarkt.

Een laatste kostenverhogende factor is het feit dat de biologische landbouw zich onafhankelijk moet laten controleren. Op dit moment is SKAL de door de overheid aangewezen controle-organisatie voor de biologische landbouw in België. De controles van het biologische product vinden door de hele keten plaats. Niet alleen bij de boer komt de controleur, maar ook bij de fabrikant van biologische producten. De controlekosten zijn hoog.